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分析了信息化战争条件下指挥自动化系统重要性，介绍了指挥自动化系统的概念、内涵和系统流程。针对系统流程几个关键环节和潜艇的特殊性要求以及潜艇指挥自动化系统的作战使命，从信息环境、数据融合、辅助决策、系统安全、人-机交互等五个方面对潜艇指挥自动化系统作战使用中的薄弱环节和理论难题进行了分析和论述。最后论及潜艇指挥自动化系统的前景。