TMT标记联合LC-MS/MS技术在分析非功能垂体腺瘤蛋白质组的重复性研究

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目的

探索TMT标记联合LC-MS/MS技术在分析非功能垂体腺瘤蛋白质组的重复性以获得FSH+和FSH-非功能垂体腺瘤间的可靠差异表达蛋白质。

方法

将两组样品抽提蛋白质、SDS-PAGE、胰酶酶解后,用6-plex TMT对两组样品肽段分别进行三次平行重复实验,然后用色谱柱对样品进行分离成80个组分合并至18份,LC-MS/MS分析,运用Mascot搜索引擎(v.2.3.0)对串联质谱数据进行搜库。

结果

SDS-PAGE电泳条带正常区分度较高,并且清晰可分辨,保证了本次实验的蛋白质样品质量。质谱数据校验表明鉴定的6 076个蛋白质及其中的4 666定量蛋白质的肽段长度符合胰酶酶解消化肽段的规律。对于两组样品分别进行三次TMT标记实验结果的重复性分析发现:FSH+和FSH-组99%以上定量蛋白质的平均变异系数<20%,约100%的定量蛋白质平均变化倍数<1.6倍,两组组内相关系数均位于0.9~1,这说明TMT定量蛋白质组学在对每组样品分析均具有高的重复性。

结论

TMT标记联合LC-MS/MS技术是一高通量和高重复性的有效定量蛋白质组学技术。

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