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在公共卫生的政府间责任分担上，存在着理论划分与预算管理制度相分离的问题。预算改革迟滞是发生这一分离的根源，这一分离不仅导致政府间责任不能落实，并且误导人们陷入理论争论而缺乏对实践操作所需现实条件的关注。要实现两者的衔接，须进一步归类公共卫生服务，针对公共卫生的不同功能实行不同预算管理，将理论划分转换成预算科目，保障公共卫生政府间投入责任。