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在南方科技大学办学思路的分歧中，“规律论”者们所拟遵循的规律，不是大学上位的应该拥有自治权的规律，而是下位或中位的具体如何办学的规律。“国情论”者们所顺应的国情，是行政权力干预大学事务的习惯或传统，而这正是南科大创办时意欲克服的弊端。其与自己初衷相悖的现象，表明大学制度的改革极其艰难。南方科技大学“内忧”的启示为：让大学成为完全独立的教育和学术机构，让教师和学生成为大学中真正的主人是大学改革的真正方向。