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企业自主创新是国家创新体系的重要组成部分，但近年来其发展受到融资问题的严重制约。在分析政府、企业及金融体系投入与企业自主创新能力间关系的基础上，建立了企业自主创新的多元资金支持模型，探讨了不同投入主体对企业自主创新能力的作用机理，并依据企业层面调研数据对模型进行了实证研究。结果表明：增加政府投入、企业投入和金融体系支持，对提升企业创新水平、创新产品收益和企业创新技术收益有显著的正向影响，其中企业投入的影响程度较之政府和金融体系更为明显。