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现行《医院会计制度》是财政部、卫生部按照《中共中央国务院关于卫生改革与发展的决定》中明确的医疗机构的性质，即：不以盈利为目的的，承担一定福利职能的社会公益事业单位；根据《事业单位财务规则》和《事业单位会计准则》，结合我国医院特点，参考国外非盈利组织财务会计制度，于1998年11月17日颁布，并于1999年1月1日实施的。相对于旧的《医院会计制度》，现行《医院会计制度》根据新形势的要求，借鉴了企业财务会计改革的经验和国际惯例，是医院财务管理、会计核算的重大改革。