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根据水下控制系统的设计需要，针对原控制模型参数不够精确的问题，提出了用卡尔曼滤波对模型参数进行辨识的方法。用卡尔曼滤波算法对某航行体控制系统的辨识进行了仿真实验，论述了探测信号和初值对算法的收敛速度及估计精度的影响，该方法能提高控制模型的准确性，又能节约试验费用，从总体上提高了该水下控制系统研制过程的工作效率及在航行中的控制性能。