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作为一类具有重要生态学意义的微生物类群，丛枝菌根（Arbuscular mycorrhizal，AM）真菌在自然生态系统中的功能已经成为当前生态学研究的热点问题之一，其中，AM真菌的分类鉴定是菌根学研究的重要组成部分。鉴于经典的菌根真菌鉴定技术的局限性，本文围绕以PCR为基础的分子生物学技术，探究RAPD、RFLP、SSCP、AFLP等在AM真菌分类鉴定、亲缘关系分析、多态性测定以及群落结构组成等方面的应用及其取得的成果，并对不同分子生物学技术之间的优缺点进行对比。在此基础上，对利用分子标记技术开展AM真