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对蛋白质-核酸复合物结构中氢键/范德华力作用位点氨基酸与核苷酸的偏好性（即相对使用频率）进行了统计分析。发现：（1）在蛋白质-DNA复合物结构中,范德华力作用对与氢键数量相当;而在蛋白质-RNA复合物结构中,范德华力作用对数量要远多于氢键;（2）复合物结构中氢键和范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异显著;（3）氨基酸的极性大小及方向在决定它是否与DNA/RNA分子形成氢键/范德华力相互作用时起到重要的作用。