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科研单位中对部门绩效管理是非常重要和必要的,本文利用解释结构模型法（ISM）分析科研单位部门管理中的影响因素以及影响层级,并借助层次分析法（AHP）计算每个因素对整个部门管理目标的影响大小,从而确定科研单位中每个部门绩效评价结果,计算结果表明,每个部门在注意均衡发展的基础上,着重关注科研成果应用、科研课题质量和对人才的培养。