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长江流域杂交棉生产经过十多年的发展，种植比重已达到85％以上，且具有进一步提高的潜力。然而近年来，长江流域杂交棉生产应用却陷入发展的瓶颈。一是现有品种缺乏突破性，同质化现象导致市场竞争不规范；二是杂交棉种子生产基地难落实，不能满足发展的需要；三是栽培技术推广远跟不上新品种的更替，简化栽培技术难以真正落实到位，甚至出现本末倒置的局面。优化品种结构、改良制种方式、提高植棉效益是长江流域杂交棉生产应用发展的方向与出路。