假想你晚上独自在家看书，忽然听到隔壁有怪异的声音。接下来，你的脑部会发生一连串变化：脑部会接收到声波的信息，转化为脑部能理解的语言，告知你进入警戒状态。这一连串变化发生的路径是耳朵到脑干，再到丘脑。
　　至此，路径分为两条：一条是“羊肠小道”，通到杏仁体与邻近的海马回；另一条是“康庄大道”，通到颞叶的听觉皮质进行声音的分析与理解。人脑的重要记忆库存海马回很快地将这个声音与以前听过的声音做对比，并将这几项假定传送给杏仁体做进一步对比。
　　如果结论令你安心，你的警戒状态不会持续升高；如果你仍觉得无法确定，杏仁体、海马回与前额叶皮质之间的另一条路径会使你陷入不安；而如果进一步地分析，仍然得不到满意的答案，杏仁体便会发出警讯，激活下视丘、脑干与自主神经系统。
　　在这种时刻，杏仁体作为脑部主要警示系统的优点表露无遗，它会继续导演一连串的变化：指示脑干细胞让你脸上露出害怕的表情，使你变得紧张而易被惊吓；将正在进行但不重要的肌肉活动僵凝住，加速心跳，提高血压，使呼吸变缓。同时，杏仁体会与海马回联手指挥，使注意力集中在恐惧的来源，让肌肉进入备战状态，让眼睛专心注意一切危险事物。
　　这整个过程，从惊讶到不确定到不安的恐惧，完全浓缩在一两秒之内。
　　恐惧是植根于人心底的一种复杂的情绪，适当的恐惧可以帮助人们趋利避害，保护自己免受伤害。但如果对常人不怕的事物感到恐惧，或者恐惧体验的强度和持续时间远远超出正常范围，则会给人们带来困扰，甚至出现恐惧症，严重影响正常的生活和工作。
　　美国纽约大学心理学和神经科学副教授伊丽莎白·费尔普斯领导的研究小组发现，杏仁体在恐惧认知和消除过程中起关键作用，而脑内侧额叶皮质层则对维持恐惧的消除过程有重要作用。
　　他们首先给受试者呈现两种颜色(蓝和黄)的信号，其中一种信号伴随有适度的电击。经过反复刺激，受试者逐渐获得了对电击有关的颜色信号的恐惧感。然后在呈现信号的时候逐渐降低电击的强度，以致最后完全停止电击。受验者对恐惧的认知经过这个过程被消除掉。研究人员使用功能性磁共振技术对受试者的大脑进行了扫描，结果发现，杏仁体在恐惧的早期认知过程起重要作用。如果一种药能作用于杏仁体，那么就有可能对恐惧症有治疗作用。