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重大科研仪器研发项目施行近20年,取得了一些成绩,但在实践中仍存在一些普遍性问题,导致项目执行效果不理想,造成这些问题的主要原因包括组织困境、管理困境与评审困境。而这些困境可以通过下述手段解决:采用"牵头人+合作单位"模式,让项目牵头人承担连带责任;部门推荐制项目则要坚决改变原有的组织结构模式,采用国家集中管理模式等。