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种质资源遗传多样性是苦瓜遗传改良的材料基础。用SSR、SRAP标记对46份苦瓜种质遗传多样性进行分析及评价，结果表明，从26对SSR和196对SRAP引物中分别筛选获得14和33对多态性引物，并分别扩增出70和637条谱带，其中多态性条带分别为60和90个。利用软件进行聚类分析，46份供试苦瓜种质的遗传相似系数在0．61～0．88之间，取阈值0．656可将46份苦瓜分为4大类群。依据供试材料的亲缘关系，可以为亲本选配和杂种优势利用提供理论基础。