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血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟
血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟
来源 :物理化学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liu822517
【摘 要】
:
应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向
【作 者】
:
杨忠志
崔宝秋
【机 构】
:
辽宁师范大学化学化工学院,锦州师范高等专科学校化学系
【出 处】
:
物理化学学报
【发表日期】
:
2007年9期
【关键词】
:
ABEEM/MM力场
动力学模拟
血红素
咪唑基
氢键
ABEEM/MM method
Dynamic simulation
Heme
Ligated imid
【基金项目】
:
国家自然科学基金(20633050)资助项目厅
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应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素轴配体的柔性与其邻近的氨基酸和咪唑体积有关.
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