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清洁作用是水在实验室中最为广泛的用途。生物实验中时常利用水来清洗实验器具和一些实验材料，以避免实验器具或实验材料上的残留物、污渍对实验材料产生毒害或对实验结果造成干扰。例如，探究酶的高效性实验中，如果使用的试管不洁净，而残留有过氧化氢酶，就有可能得到相反的实验结果。用于清洗实验器具和实验材料的水一般用自来水或清水，无菌条件的实验就要用无菌水清洁。