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分子标记技术大大促进了林木有关研究的发展。林木分子标记研究主要包括林木遗传连锁图谱构建、比较基因组研究、数量性状位点定位、标记辅助选择、系统演化及群体遗传变异和多样性等内容。迄今,已有近20个树种构建了基因组遗传连锁图谱,少数树种还进行了比较基因组研究。定位了10余个与分子标记连锁的数量性状位点,分子标记辅助选择育种已在少数树种中开展。分子标记是研究林木群体遗传结构和多样性水平的有用工具,也可用以阐明物种的系统进化和亲缘关系。