【摘 要】
：
目的·通过生物信息学方法建立胃癌患者预后相关微RNA (microRNA,miRNA)的预测模型并探讨其应用价值.方法·收集癌症和肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库中397例胃癌患者的临床病理资料,其中356例临床病理资料完整.397例患者中,男258例,女139例;中位年龄为67岁.将397例患者采用随机抽样法,按7∶3比例分为训练集278例和测试集119例.另从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载包含20对胃癌及对应癌旁正常组织的miRNA测序数据集GSE93
【机 构】
：
上海交通大学医学院附属仁济医院胃肠外科,上海200127
论文部分内容阅读
目的·通过生物信息学方法建立胃癌患者预后相关微RNA (microRNA,miRNA)的预测模型并探讨其应用价值.方法·收集癌症和肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库中397例胃癌患者的临床病理资料,其中356例临床病理资料完整.397例患者中,男258例,女139例;中位年龄为67岁.将397例患者采用随机抽样法,按7∶3比例分为训练集278例和测试集119例.另从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载包含20对胃癌及对应癌旁正常组织的miRNA测序数据集GSE93415,从癌组织和癌旁正常组织差异表达的miRNA中筛选出候选差异表达miRNA.基于训练集患者的信息,利用LASSO回归分析,将候选差异表达miRNA拟合成一个可以预测胃癌患者生存率的预后相关miRNA模型.对构建的预后相关miRNA模型的预测效能,分别在训练集和测试集中进行验证,以Log-Rank检验进行生存分析来验证模型的可靠性;以受试者操作特征曲线下面积(area under curve,AUC)分析该模型的预测效能.使用基因表达数据和pRRophetic包中的算法预测患者对化学治疗药物的敏感性.使用Calibration曲线验证恩诺图的准确性.使用一致性指数(consistency index,C-index)检测恩诺图和其他因素建模的一致性.使用决策曲线分析(decision curve analysis,DCA)推测候选因素对于临床决策的帮助.结果·①训练集与测试集患者的临床资料和总体生存率比较,差异均无统计学意义(均P＞0.05).②差异表达miRNA筛选结果:从GSE93415测序数据集中计算得到111个候选差异表达miRNA,其中20个在癌组织中上调,91个在癌组织中下调.对111个候选差异表达miRNA进行过滤后,得到59个候选差异表达miRNA.③构建预后相关miRNA模型:从59个候选miRNA中,筛选出5个与生存相关的miRNA,分别为let-7i-5p、let-7f-5p、miR-708-5p、miR-135b-5p、miR-100-5p,差异表达模式(癌组织对比癌旁组织)均为降低,差异表达倍数分别2.55、2.78、2.17、3.08、3.26倍.由5个与生存相关miRNA构建的预后表达方程为:风险分数=(-0.049×let-7i-5p表达量-0.0332xlet-7f-5p表达量+0.2029×miR-708-5p表达量-0.0889×miR-135b-5p表达量+0.0163×miR-100-5p表达量).④预后相关miRNA模型的验证:在训练集和测试集中,高风险组患者的总体生存率低于低风险组患者,差异均有统计学意义(均P＜0.05).在训练集中,预后相关miRNA模型的1年、3年、5年生存时间预测概率AUC值分别为0.640、0.763、0.853;在测试集中,则分别为0.631、0.735、0.750.⑤影响胃癌患者预后的相关因素分析:单因素分析结果显示年龄、肿瘤病理分期、T分期、N分期、M分期和预后相关miRNA模型评分是胃癌患者预后的相关因素(HR=1.017、1.633、1.353、1.346、2.652、15.874,95％CI为1.002～1.033、1.333～2.001、1.109～1.650、1.169～1.548、1.553-4.529、5.729～43.985,P＜0.05).多因素分析结果显示年龄、M分期和预后相关miRNA模型评分是胃癌患者预后的独立危险因素(HR=1.03、2.27、18.72,95％CI为1.01～1.05、1.09～4.70、5.96～58.77,P＜0.05).⑥预后相关miRNA模型与临床病理因素预测效能的比较:在356例临床资料完整的胃癌患者中,预后相关miRNA模型对胃癌患者5年生存时间预测的AUC值为0.818,高于年龄、性别、肿瘤病理分期、T分期、N分期、M分期的预测效能.⑦预后相关恩诺图的评估:Calibration验证曲线、C-index以及DCA分析均提示,胃癌患者从预后相关恩诺图中的获益程度高于年龄、性别和肿瘤病理分期.结论·由5个差异表达的miRNA构建了可用于预测胃癌患者生存的预后相关miRNA模型;该模型对胃癌患者的生存状态和预后具有一定的区分预测能力,可为胃癌患者的临床治疗提供参考.
其他文献
无不典型性子宫内膜增生(EH)是一种不伴有不典型细胞的子宫内膜增生性疾病.目前其分类诊断标准尚未完全统一,子宫内膜上皮内瘤变系统对无不典型性EH恶变风险的预测精确度更高,WHO分类更易于在选择合理治疗方案上达成共识.无不典型性EH目前常用的药物治疗方案包括口服孕激素治疗,局部释放孕酮及人工孕激素衍生物;手术治疗方案包括子宫内膜去除如诺舒阻抗控制子宫内膜去除系统、热球子宫内膜去除等以及子宫切除术.临床选择治疗方案时应尊重个体化原则,考虑患者病变特征以及患者依从性、社会经济因素等,并应充分考虑各方案结合的有效
口臭是指由口腔向空气中散发的带有恶臭的难闻气体,严重影响人们的社交质量和心理健康.目前,口臭的发病机制主要为口腔微生态失衡所造成的产臭菌定植增加,主要为具核梭杆菌(Fn)、牙龈卟啉单胞菌(Pg)和齿垢密螺旋体等.这些主要的产臭菌均可通过释放挥发性硫化物(VSCs)产生口臭,其中Fn起到重要的桥接作用.近年来,口腔微生态与口臭的关系已引起国内外学者的广泛关注.随着人们生活质量的不断改善,具有口臭治疗需求的人也在日益增多.因此,针对产臭菌群的口臭治疗新策略也不断出现,包括锌离子制剂、臭氧水、抗菌含片、鸡卵黄抗
蛛网膜下腔出血(SAH)作为临床上的危急重症,具有高发病率、高死亡率的特点.SAH后的脑损伤是影响患者预后的主要因素,其损伤机制主要包括氧化应激、神经炎症、脑血肿、脑血管痉挛等,而核因子E2相关因子2作为氧化还原敏感的转录因子,在上述损伤机制中发挥重要作用.
胶质瘤是中枢神经系统常见的原发性肿瘤,恶性度及病死率高,其治疗主要以手术切除为主,结合术后放疗、化疗等.替莫唑胺(TMZ)以其广泛的适用性、低毒性成为胶质瘤的一线化疗药物,但是胶质瘤对TMZ的耐药性是临床治疗的瓶颈.胶质瘤对TMZ耐药的机制主要涉及DNA损伤修复(O6-甲基鸟嘌呤-DNA-甲基转移酶、DNA错配修复、碱基切除修复)、细胞信号通路异常(p53介导的信号通路、活性氧介导的信号通路、内质网应激和自噬相关信号通路、RTK相关信号通路、转化生长因子β介导的信号通路、Wnt/β-Catenin信号通路
颅骨缺损往往需要行颅骨成形术进行修补,颅骨修补的目的是最大程度重建人体颅腔结构,达到颅腔密闭和颅内压的稳定.因此,颅骨成形材料在手术中起关键作用.除了异种、异体已经被淘汰的颅骨成形材料外,目前临床常见的有自体材料、金属材料和非金属材料以及仍处在研究阶段的骨组织工程材料.
分析伴有生长迟缓的3例超雌综合征(47,XXX综合征)患儿的临床资料,包括身高、染色体核型,以及生长激素、胰岛素样生长因子-1、性腺发育水平等.3例患儿均因发现生长速度缓慢就诊,无特殊面容,胰岛素样生长因子-1水平均在正常范围;3例均接受生长激素激发试验,其中1例诊断为生长激素部分缺乏症,2例为特发性矮小;3例染色体核型均为47,XXX,符合超雌综合征的诊断.
子宫内膜异位症是育龄期女性的常见疾病,发病原因目前尚无定论;虽较少发生于泌尿系统,但由于其起病隐匿,不易被察觉,易导致严重的肾积水甚至患肾功能衰竭;通过超声、腔镜及影像学等检查能够早期明确诊断对患者的意义重大;手术治疗是目前首选治疗方法,并配以围术期药物治疗,腔镜治疗已广泛应用于临床,具体哪种术式更优,目前尚无定论.
糖尿病性黄斑水肿(DME)是造成糖尿病患者视力下降的主要原因,DME的诊疗是医学研究的热点问题.DME的诊断方式主要有眼底荧光素血管造影、光学相干断层扫描、光学相干断层扫描血管成像等;目前DME的治疗方法包括药物治疗(抗血管内皮生长因子治疗、类固醇治疗)、激光光凝治疗、手术治疗、联合治疗等,可根据患者病情严重程度及水肿类型选择合适的治疗方式.
目的·分析特发性中枢性性早熟(idiopathic central precocious puberty,ICPP)女童不饱和游离脂肪酸谱的变化及其与体质量指数(body mass index,BMI)、性激素水平的相关性.方法·选取2020年8月—2021年1月至上海交通大学附属儿童医院住院的56例ICPP女童及46例同龄正常未发育女童为研究对象,分别纳入ICPP组和对照组.收集2组女童的身高、体质量,计算BMI及体质量指数标准差评分(body mass index standard deviation
目的·了解46,XY性发育异常患者性别分配并分析选择结果,为类似患者临床决策提供参考依据.方法·对2015-2018年于上海交通大学附属儿童医院诊治的46,XY性发育异常患者进行回顾性研究,所有患者均在内分泌科完成全面评估.在经过多学科诊疗模式团队讨论及与患者和/或家属充分沟通后进行性别分配,分析不同情况患者的性别分配结果.性别分配手术后1个月开始随访,直到患者成年.心理评估在患者青春期后进行.结果·共选取52例资料完整的46,XY性发育异常病例.人院前社会性别为女性者26例,男性者26例.社会性别为女性