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科研经费绩效审计源于政府绩效审计,主要以"3E"理论展开。但是传统的以"3E"为理论基础的绩效审计已经不能满足目前对绩效审计的评价。面对金额越来越大的高校科研经费,急需要对传统的"3E"绩效审计作深化和突破。本文在"3E"的基础上做进一步的突破,旨在能够为我国高校科研经费绩效审计评价提供建议。