《中藏经》认为“阴阳”是人的根本,“阴阳调和”才是人体最理想的状态,要顺从阴阳,顺应自然,尊重事物发展的客观规律,才能达到阴阳调和的状态;《中藏经》提出万应丸的妊娠禁忌,使万应丸的使用注意更加全面,增强了万应丸的用药安全;提出了交藤丸不能与猪羊肉同用;提出在调配安息香丸时不要让妇女和鸡犬看到,避免尘埃晦气影响药物之精气,这其中固然有封建迷信的成分,但也从侧面反映了古人在制药时,已经有了一定的无菌消毒的概念;《中藏经》提出病证禁忌,旨在告诫临床医生在治疗疾病的时候,要注意患者的一些特殊体表变化和生理病理特性,从而辨证论治;《中藏经》提出应慎用针灸,如果不当用灸法却施灸,就使人经络大伤,火毒内蓄反害中和之气,甚至不能救治,如果不当用刺法却用针刺,就使人气血散失,机窍关节细弱萎缩;《中藏经》的养生之道一是注意生活的细节,二是强调享受物质生活应适可而止,如此才能调和阴阳达到养生的目的;《中藏经》指出违反禁忌,不恰当的运用各种治疗方法,会引发相应的疾病。