为阐明上海地区H9N2亚型禽流感病毒分离株的遗传变异、分子特征和重组模式,选取2002和2006~2014年分离自活禽市场、家禽养殖场和生猪屠宰场的14株H9N2亚型禽流感病毒进行分析。这14株病毒分别来源于鸡、鸭、鸽、野鸡咽喉和泄殖腔样品及猪肺脏样品,用H9亚型荧光反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)试剂盒检测后,阳性样品经无特定病原体(SPF)级鸡胚尿囊腔接种并分离病毒,用血凝抑制(HI)实验进一步确定其血凝素(HA)亚型。RT-PCR分别扩增这14株病毒全基因并进行序列测定,分析8个基因片段的遗传发生关系,发现这些分离株主要由F/98亚系、Y280亚系、G1亚系及未知亚系重组而成。根据8个基因片段的组合情况,这14株病毒可分成5个基因型。2002、2006~2008年分离的5株H9N2亚型禽流感病毒代表了4个不同基因型,2009~2014年分离的9株H9N2亚型禽流感病毒属第5种基因型,推测可能与疫苗免疫选择压力有关。因此,在以后工作中加强H9N2亚型禽流感分子流行病学监测是非常必要的。