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中国矿物资源探查研究中心成立于１９９４年８月１１日，是经中、日两国政府批准的、中国科学院与日本国际协力事业团（ＪＩＣＡ）的专项型技术合作项目，国内合作伙伴是国家有色金属局地质总局。根据中日双方签署的《关于中国矿物资源探查研究中心项目技术合作会谈纪要》（简称Ｒ／Ｄ协议），该项目于１９９４年９月１日正式实施，执行期限５年，新近双方同意延续两年，至２００１年。自项目正式实施以来，得到了科技部、中国科学院的领导和项目依托单位地球物理研究所及国内合作伙伴的支持。日本国际协力事业团实施了派遣专家，提供所需器材和设备，