为探讨不同产地甘草内生真菌种群结构的差异及其最佳分离条件,采用植物组织平板分离法分离来自甘肃、宁夏、内蒙、新疆、北京等5个产地甘草内生真菌,通过考察次氯酸钠溶液不同浓度和灭菌时间优化最佳分离条件,通过形态学和分子生物学的方法鉴定菌株。实验结果显示次氯酸钠溶液浓度为5%、灭菌时间5 min为最优表面灭菌条件。5个产地129株乌拉尔甘草中共分离得到438株内生真菌,归属于5目7属11种,其中有4个分类单元首次在中国地区的甘草中被分离出来;镰孢属Fusarium为5个产地内生真菌共有属;相似性分析表明,不同产地甘草内生真菌的组成结构上存在差异;多样性分析表明,甘肃产地内生真菌多样性最高,北京产地最低。综合分析认为甘草组织的内生真菌具有多样性,甘肃、宁夏、内蒙、新疆、北京等5个产地内生真菌的数量、组成及种群间存在差异。