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复合系统的各子系统具有相互连续、复杂耦合的特点，各子系统相互协调、彼此配合才能使复杂系统整体优化。首先用主成分分析法评价科技子系统与经济子系统的综合发展水平，然后依据复杂系统的各子系统协调发展的思路，分别从静态和动态的角度构建复杂系统协调度模型和协调发展趋势模型，并设计了协调度评判依据。以上海市1997--2006年科技经济系统的数据为依据，对上海市科技经济协调发展程度进行实证研究，总结上海市科技经济的协调发展趋势，并提出相应的对策。