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【目的】了解哈萨克马ELA-DRA＊exon2、ELA-DQA＊exon2的等位基因分布及其特性，为马的抗病育种提供理论基础。【方法】采用聚合酶链式反应-单链构象多态性（PCR-SSCP）方法检测哈萨克马ELA-DRA＊exon2、ELA-DQA＊exon2的等位基因分布，并对不同等位基因的核苷酸与氨基酸序列进行分析。【结果】在47匹哈萨克马中，ELA-DRA＊exon2有3个等位基因，其中两种等位基因在纯合子中被检出，另外一种等位基因在杂合子中被检出；ELA-DQA＊exon2有7个等位基因，且都以纯合