为了研究开发快速、敏感、特异的猪乙型脑炎(Japanese encephalitis,JE)诊断试剂和免疫效果良好的猪JE基因工程疫苗,对2011年分离到的广西猪乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)FC792株的E基因进行克隆、测序及生物信息学分析。结果测序获得1500bp的完整FC792株E基因序列,经同源性比对及遗传进化树分析表明,FC792株为基因Ⅲ型JEV毒株,且属于弱毒株。应用在线软件SignalP 4.1对FC792株E蛋白进行信号肽的预测,结果预测到FC792株E蛋白不存在信号肽。应用在线软件NetNGlyc 1.0预测到FC792株E蛋白存在1个N-糖基化位点:154-NYSA,线软件NetPhos 2.0预测到其存在如下磷酸化位点:丝氨酸(Ser)有10个位点;苏氨酸(Thr)有6个位点;酪氨酸(Tyr)有5个位点。应用在线免疫信息学软件预测到FC792株E蛋白有16个B细胞抗原优势表位(分值(score)≥0.85),5个CTL抗原表位,10个Th抗原表位。应用在线软件GOR4预测FC792株E蛋白的二级结构,发现α-螺旋区域占21.20%,延伸链区域占30.40%;无规则卷曲区域占48.40%。应用在线软件SWISS-MODEL对FC792株E蛋白进行三维结构预测的同源模建,结果可见FC792株E蛋白存在大量的无规则卷曲和延伸链区域,并有多个α-螺旋区域,它们螺旋扭转卷曲形成近似左右对称的2个亚基的二聚体空间立体结构。研究结果为今后研制猪JE诊断抗原和猪JE基因工程疫苗提供参考借鉴。