串珠藻目是淡水红藻中最重要的类群。psaA基因是植物叶绿体中一个进行光调节的重要基因,编码光系统Ⅰ反应中心跨膜复合物的中心蛋白A,又称P700脱辅基蛋白A,承担重要的生物学功能,构成植物光系统Ⅰ的中心架构。为了探究串珠藻目植物适应特殊生存环境的分子水平机制,本文选取了串珠藻目及一些相近类群淡水红藻的psaA基因42条,并采用PAML4.8软件中的位点模型、分支模型和分支-位点模型,对选取类群的psaA基因进行了适应性进化分析。结果表明:(1)所有内类群聚集为9个分支,其中,分支A为假枝藻属,分支B为Nocturama属,分支C为西斯藻属,分支D为连珠藻,分支E为胶串珠藻,分支F为熊野藻属,分支G为串珠藻属,分支H为暗紫红毛菜,分支I为红索藻属;(2)没有在位点模型和分支-位点模型中检测到有统计学意义的正选择位点,提示该基因处于强烈的负选择作用之下并具有保守性;(3)基于详细的解析数据和氨基酸对的相关系数统计出共进化组(对)5组(20对),序列中所有共进化氨基酸对的平均距离27.8086?,标准差12.3252,基于氨基酸疏水相关性值统计出的共进化组(对)5组(12对),基于氨基酸分子量相关值统计出的共进化组(对)5组(15对),其中共有11对共进化氨基酸同疏水性、分子量都显著相关。本研究结果显示psaA基因在串珠藻目植物中是非常保守的,比较适用于属及以上分类单元群体的系统发育关系研究,同时,基于ω比值检验基因适应性进化具有准确性和有效性。