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随着结核分枝杆菌全基因组被测序，功能基因组学成为时下结核分枝杆菌研究的热点。研究基因功能的方法主要有两种思路：一是通过增强其表达，取得表达产物进行研究；二是减弱或者终止其表达，观察整体功能的变化，进而推测相应的基因功能。前者因为不能反映基因产物的真实表达情况，而逐渐被抛弃。后者将基因与生物的整体功能联系起来考察，并能为基因的功能提供直接证据，因而其技术不断得到发展和完善，其中最常用的就是基因敲除技术。