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通过L16（4^5）正交试验，研究了Mg2＋、引物、dNTPs、如DNA聚合酶、模板DNA浓度5个因素在4个水平上对ISSR—PCR的影响，PCR结果应用DPS数据处理软件分析，建立了适合于牛膝菊ISSR—PCR的反应体系。优化体系（25μL）为：Mg2＋浓度2．0mmol／L，dNTP浓度0．5mmol／L，砌DNA聚合酶浓度0．08U／μL，引物浓度0．2μmol／L，DNA浓度1．5ng／μL。筛选出扩增稳定、多态性高、扩增条带清晰的ISSR引物8条，并确定了8条引物各自的最佳退火温度。