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中黄39是中国农业科学院作物科学研究所用中品661作母本、中黄14作父本进行有性杂交。经多年定向选择选育而成。2006年通过天津市审定（津审豆2006002）．2010和2013年分别通过国家黄淮海夏大豆区域（国审豆2010018）和热带亚热带区域（国审豆2013016）审定。该品种高产、稳产、广适、适应机械化收获。