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中黄39是中国农业科学院作物科学研究所用中品661作母本、中黄14作父本进行有性杂交。经多年定向选择选育而成。2006年通过天津市审定(津审豆2006002).2010和2013年分别通过国家黄淮海夏大豆区域(国审豆2010018)和热带亚热带区域(国审豆2013016)审定。该品种高产、稳产、广适、适应机械化收获。