执行了20年的药品集采制度，时至今日已经暴露出不少弊端：一是低价竞争，部分企业为了中标不惜以降低药品质量为代价来控制生产成本，导致如四川蜀中制药这一类的事件发生；二是招标等同于强行降价，目前，大多数省级招标平台其实质已经成为地方政府的二次限价与市场准入设置，在招标过程中规定企业的降价比例和规定限价；三是效果异化，虽然各省集采方案中均注明带量采购的原则，但是执行起来却是有其名无其实；四是没有形成医疗机构的正向激励和长效机制，医院在集采过程中只有目录的上报和中标品种的选择权；五是加大企业负担，生产企业不但要耗时耗力地去各省投标，在中标之后还需去各家医院疏通关系确保能够被医院选中。
　　改革方向今后医改的重点在于三医联动，其成功的基础在于必须要调动起医疗机构的积极性，无论是将药品从医院的盈利中心到成本中心的转变，还是改变招标方式，改革医保支付制度，这三方面改革的核心都在于药品必须成为医院的成本中心而非利润来源。未来药品采购制度的改革必须落实：一是突出医保管理地位，医保作为最终买单人，在整个集采制度中并没有发挥出应有的作用，未来随着医保支付制度改革和医保支付压力不断增大的情况下，医保在集采过程中的地位应日益凸显；二是落实带量采购，没有量的保证就不会有价的降低，这是经济学中最基本的常识，而且通过带量采购尤其是用药金额较高的产品可以将价格压缩至企业合理范围，从而让企业对医生彻底无行贿空间；三是推进药物经济学的制定，从国际上来看，药物经济学是保障和评价医疗机构是否合理用药的基础，否则在临床上大量使用低效、无效的药品对医保资金和患者来说都是巨大的浪费；四是全面执行仿制药质量和疗效一致性评价，对于通过一致性评价的药品在临床使用和医保报销方面相比原研产品给予超额待遇。