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导航星座自主导航能够有效地减少地面测控站的布设数量,减少地面站至卫星的信息注入次数,降低系统维持费用,实时监测导航信息的完好性,增强系统的生存能力.卫星时间同步是实现导航星座自主导航的关键技术之一，而星载原子时钟的频率稳定性能直接影响着卫星时间同步精度。本文基于星载原子时钟频率稳定性的Allan方差表达，建立系统状态方程，并以星间双向测量伪距差作为基本观测量，组成系统测量方程。从而，可以设计适用于导航星座卫星时间同步的Kalman滤波算法。系统仿真结果表明：通过滤波处理星间双向测距数据，不断地更新卫星时钟