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对中医证候微观物质基础的研究是中医学现代化研究的重要方面,"证"的整体性、模糊性、动态性、差异性、复杂性的特点,又使得中医"证"通过现代实验室检查所得到的单一理化指标缺乏足够的特异性。以蛋白质组学为代表的系统生物学技术的出现使现代医学由还原论思维走向了整体思维,也使得中医的理念有了数理化的可能。蛋白质组学在中医学证候的研究中取得了一系列的进展,在动物证候模型及中医"病证结合"的研究中的得到了广泛的应用,为中医证候学的研究提供了大量的研究数据及广阔的视野。