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显微镜倍率越大，视野越小，常常需要通过图像拼接得到视野范围大且分辨率高的切片图像。而显微图像拼接时，由于特征丰富、信息量大且包含大量相似区域，导致拼接时间过长，配准准确率低。本文提出了一种针对显微图像的拼接算法，可以快速进行配准和融合以得到拼接图像。本文首先通过模板匹配进行初始运动估计，然后用光流法做进一步匹配，得到匹配点对后通过相似性和位置约束剔除误匹配点，进一步提高配准精度。实验表明，本文提出的方法可以在保持实时性同时有效提高配准精度。