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为认识山楂三萜成分生物合成途径中鲨烯合酶基因结构特征，克隆获得山楂鲨烯合酶基因并进行生物信息学分析和原核表达分析。通过RT-PCR方法从山楂果实中克隆获得2条鲨烯合酶基因CpSQS1，CpSQS2，其ORF长度分别为1 239，1 233 bp，分别编码412，410 aa。使用在线工具预测CpSQS1，CpSQS2均为稳定的酸性蛋白，二级结构主要由α-螺旋结构组成，利用同源建模对三级结构进行预测；结构功能域分析表明，CpSQS1和CpSQS2的35～367 aa都具有反式异戊烯基焦磷酸合酶的保守结构域；跨膜结构域分析预测CpSQS1，CpSQS2均具有2个跨膜结构域；序列分析表明山楂、丹参、甘草SQS基因编码的氨基酸序列具有较高的同源性；系统进化树分析显示CpSQS1，CpSQS2与蔷薇科的苹果MdSQS1，MdSQS2聚为一支，与系统进化规律一致；构建原核表达载体pGEX-4T-1-CpSQS1，pGEX-4T-1-CpSQS2转化至大肠杆菌Transetta (DE3)进行诱导表达，在65 kDa处均能成功表达出目的蛋白；基因表达分析结果显示，CpSQS2的基因表达水平在山楂的3个不同发育时期均明显高于CpSQS1。该研究首次克隆并分析了山楂SQS1，SQS2基因，为进一步研究山楂三萜生物合成途径奠定基础。