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海峡经济区是在海峡西岸经济区的基础上提出的一个内涵更为丰富的战略构想。它以福建和台湾作为整个经济区的核心主体，主要特点是将台湾纳入了海峡地区协调发展的范畴。在战略模式选择上，台湾地区的台北、高雄，可以与福建沿海的福州、厦门、泉州三个中心城市构成一个“大都市带”，形成经济区的核心，通过其辐射力逐级向周边城市扩散，递次形成核心商圈、次级经济圈等独特的海峡经济区辐射发展模式。
构建海峡经济区必须建立健全区域合作的各项机制，强化制度建设的规范性、强制性和渐进性，根据客观情况，分阶段逐步推进。
海峡经济区可分“三步走”
由于区域经济发展的渐进性，尤其是台湾情况的特殊性，海峡经济区的构建不可能一蹴而就，需要在两岸各方面合作交流的经验和基础上，在一个中国、系统协调、市场主导、互利互惠、优势互补、开放自主原则指导下，遵循经济发展的客观规律，通过建立健全各项运行机制，不断加强两地的要素流动、资源共享、政策协调、制度衔接和服务贯通，来逐步推进经济一体化进程，最终构建起市场高度开放、制度建设完善、产业结构互补、信息资源共享、基础设施完备的区域经济共同体。
具体来说，从近期目标来看，是在“试点直航”和“金马直航”的基础上，以直接“三通”为突破口，争取使福建成为台湾与大陆通商的先行区。在此基础上，大陆党政有关部门、社团和社会各界通力合作，通过与台湾谈判形成两地贸易、投资便利化的政策协议和制度安排，实现海峡区域内更紧密的经济联系。
中期目标是建立区域协调机构，协调区域政策，完善日常合作机制，有效降低交易成本、行政成本、制度成本；拓宽区域内经济合作的范围和领域，实现全面、直接、双向的经济交流；建立自由贸易区，促进商品与服务贸易、人员交往和资金、技术等生产要素的合理流动。
远期目标则是建立共同市场，形成紧密相关、高度依存、共生共荣的“经济共同体”，提升区域市场的综合竞争力，为社会、政治的整合乃至我国的统一奠定坚实的经济基础。
六种机制保障运作
不断推进海峡区域经济一体化进程，需要有相应的动力和激励机制持续地发生作用，也必须在分立的行政主体之间制定具有约束力的共同政策和制度规范。
动力机制强调的是市场本身的力量。在此过程中，最重要的是要通过一些明确的制度、协议条款，维护市场正常秩序，使市场竞争主体的努力得到相应的回报，并保证他们的既得利益受到公平的保护。
激励机制强调的则是地方政府、行政官员在推进区域一体化进程中的动力与积极性。这需要制定、改革有关的人事制度、政绩评价体系、财税制度等，激励行政官员去推动海峡经济区一体化进程的发展。
约束机制方面，可以借鉴欧盟一体化的经验，遵循公平、协同、共赢的原则，制定反映各方共同愿望的制度、规则。其主要内容应包括：区域生产力布局原则和区域产业发展准则；确定市场准入、行业开放、要素流动等事项的领域、范围和进展时间表；在引资、贸易、人才、技术、信息等方面营造无特别差异的政策环境；建立协调裁决制度等。合作内容可以逐步扩展，但是一旦制定成规则，就必须具有绝对的约束力，对违背规则者要有相应的惩罚内容。
要推动海峡经济区正常运转，还必须建立区域内共同事务管理机制，以协调各方利益，维护正常的经济秩序。
鉴于海峡地区的实际情况，区域管理组织可以采取委员会制，即区域管理协调委员会，由中央有关部门牵头协调，海峡西岸各城市和台湾共同组成，采取席位制，对区域共同事务平等协商、集中决策，但是不干涉各方内部事务。根据实际需要，还可以设立各种专业的职能管理机构，在授权下负责制定具体行业、领域的合作规则、协议等。区域管理委员会下可设常务性办公机构，负责各项制度、协议的执行和监督，以及处理具体日常性事务。
此外，还可以通过建立官方、民间组织的对话交流机制，如领导定期会议制度、各类论坛等，促进区域交流合作；建立区域利益共享与补偿机制，如政府对初级产品价格进行市场调节（或指导定价），不同分工的行业组织通过协商分配利润，优势产业产生的税收向弱势产业地区合理转移补偿等，让区域内所有的地区都能够共享合作的收益，保障区域经济合作的有效运作。
当前要做的四项工作
海峡经济区从战略性构想到可行性运作，必须要从当前的主要工作需要出发，系统地推进，具体应该注意做好以下几方面的工作。
首先，加快海峡西岸基础设施建设，逐步实现海峡两岸基础设施的共建共享。
交通、港口、通讯等基础设施的对接是推进区域一体化的重要基础。由于政治因素的影响，海峡西岸各城市与台湾基础设施规划、建设、利用、对接相互独立，有时甚至是由于人为原因被故意割裂，这不仅造成了两岸现有资源与设施的空置与浪费，使两岸物流整合和旅游全面合作受到制约，也极大影响了地区间生产要素的自由流动，提高了区域内的交易成本。
目前比较现实的做法，就是在对台通航取得初步成效的基础上，努力探索实现两岸全面直接“三通”的有效途径与方式，力争将福建建成对台通航的主要基地和重要通道：利用“金马直航”先行的优势，重点开拓对台旅游通道，逐步打开全面直接“三通”的缺口；按照《台湾海峡两岸间航运管理办法》，开展对金（门）、马（祖）、澎（湖）的货运直航，争取由大陆货物加工转出口发展到进入岛内市场；在两岸“包机直航”获得成功的基础上，促进“包机直航”节日化、常态化和两岸货运便捷化，减少厂商货物的运输成本与时间；利用“试点直航”的政策，不断扩大直航口岸的功能与范围。随着海峡经济区一体化趋势的不断深入发展，逐步协调两岸基础设施建设规划，最终实现两岸基础设施的共建共享和全面对接。
其次，加强海峡两岸的科技合作与创新，提高区域核心竞争力。
构建区域内部长期、稳定、全面、密切的科技合作与交流关系，事关海峡经济区未来的竞争力和在全国区域经济中的地位，是必须考虑的问题。为此可以采取以下做法：
建立技术供求信息交流平台，如举办海峡科技论坛、海峡两岸科技项目交流会，建立科技合作网站等，为科技界、企业界提供彼此优势互补、深化合作的专业平台；促进民间科技合作与交流向更高领域和更深层次发展，如共同建立研发机构，通过整体收购或兼并技术含量高的研究机构、技术项目或生产企业等；灵活引进人才，吸引台湾科技工作者来大陆工作，实现技术成果的共享与开发；大力发展科技风险投资基金，为科技合作项目的研究、开发和推广提供金融支持；建立闽台科技合作园区和高新技术产业园区，吸引台湾科技投资；完善相关政策法规，加大知识产权保护力度，推动建立区域科技共同标准等。
第三，充分发挥民营经济的力量
台湾经济的发展来自民营经济，而作为海峡西岸经济区主体的福建省，四成以上的工业总产值、六成以上的社会消费品零售总额也是由民营经济创造的，非公经济对经济增长的贡献率超过60％，非公经济实现的GDP占全省GDP近50％。可见，两岸民营经济都有着相当雄厚的实力。
在市场经济条件下，由于资本的“趋利”本性，两岸民营经济都有为追逐利润最大化而寻找投资机会的内在要求：台湾民营企业的数量占台湾企业总数的98%以上，但岛内空间相对狭小，需要向往扩张寻找投资机会；闽商虽然数量较多，但多为中小企业，核心竞争力不强，迫切需要进行制度创新，促进家族资本与社会资本的融合，增强开放性。
民营资本的直接合作，尤其是组建跨行政区域的、两岸民间资本相互参股的股份制集团公司，可以有效打破区域封闭格局，同时这也是优化资源配置，增强综合竞争力的最有效方式和最好组织形式。
第四，文化交流带动文化产业发展
文化是海峡经济区建设的“根”和“魂”，同时也是区域发展的新增长点。台湾的文化产业发展较早，其在出版发行、版权服务、影视、网络信息、休闲娱乐以及文化中介服务等方面都具有明显的优势，而海峡西岸有着深厚的文化底蕴，如闽南文化、妈祖文化、客家文化等。加快建设一批对台胞有吸引力的文化交流项目，推动文化产业园的建设，吸引台湾文化产业在西岸地区投资，有利于充分挖掘共同的文化底蕴，打造富有海峡特色的文化品牌，加快文化产业乃至整个区域经济的发展。
构建海峡经济区必须建立健全区域合作的各项机制，强化制度建设的规范性、强制性和渐进性，根据客观情况，分阶段逐步推进。
海峡经济区可分“三步走”
由于区域经济发展的渐进性，尤其是台湾情况的特殊性，海峡经济区的构建不可能一蹴而就，需要在两岸各方面合作交流的经验和基础上，在一个中国、系统协调、市场主导、互利互惠、优势互补、开放自主原则指导下，遵循经济发展的客观规律，通过建立健全各项运行机制，不断加强两地的要素流动、资源共享、政策协调、制度衔接和服务贯通，来逐步推进经济一体化进程，最终构建起市场高度开放、制度建设完善、产业结构互补、信息资源共享、基础设施完备的区域经济共同体。
具体来说，从近期目标来看，是在“试点直航”和“金马直航”的基础上，以直接“三通”为突破口，争取使福建成为台湾与大陆通商的先行区。在此基础上，大陆党政有关部门、社团和社会各界通力合作，通过与台湾谈判形成两地贸易、投资便利化的政策协议和制度安排，实现海峡区域内更紧密的经济联系。
中期目标是建立区域协调机构，协调区域政策，完善日常合作机制，有效降低交易成本、行政成本、制度成本；拓宽区域内经济合作的范围和领域，实现全面、直接、双向的经济交流；建立自由贸易区，促进商品与服务贸易、人员交往和资金、技术等生产要素的合理流动。
远期目标则是建立共同市场，形成紧密相关、高度依存、共生共荣的“经济共同体”，提升区域市场的综合竞争力，为社会、政治的整合乃至我国的统一奠定坚实的经济基础。
六种机制保障运作
不断推进海峡区域经济一体化进程，需要有相应的动力和激励机制持续地发生作用，也必须在分立的行政主体之间制定具有约束力的共同政策和制度规范。
动力机制强调的是市场本身的力量。在此过程中，最重要的是要通过一些明确的制度、协议条款，维护市场正常秩序，使市场竞争主体的努力得到相应的回报，并保证他们的既得利益受到公平的保护。
激励机制强调的则是地方政府、行政官员在推进区域一体化进程中的动力与积极性。这需要制定、改革有关的人事制度、政绩评价体系、财税制度等，激励行政官员去推动海峡经济区一体化进程的发展。
约束机制方面，可以借鉴欧盟一体化的经验，遵循公平、协同、共赢的原则，制定反映各方共同愿望的制度、规则。其主要内容应包括：区域生产力布局原则和区域产业发展准则；确定市场准入、行业开放、要素流动等事项的领域、范围和进展时间表；在引资、贸易、人才、技术、信息等方面营造无特别差异的政策环境；建立协调裁决制度等。合作内容可以逐步扩展，但是一旦制定成规则，就必须具有绝对的约束力，对违背规则者要有相应的惩罚内容。
要推动海峡经济区正常运转，还必须建立区域内共同事务管理机制，以协调各方利益，维护正常的经济秩序。
鉴于海峡地区的实际情况，区域管理组织可以采取委员会制，即区域管理协调委员会，由中央有关部门牵头协调，海峡西岸各城市和台湾共同组成，采取席位制，对区域共同事务平等协商、集中决策，但是不干涉各方内部事务。根据实际需要，还可以设立各种专业的职能管理机构，在授权下负责制定具体行业、领域的合作规则、协议等。区域管理委员会下可设常务性办公机构，负责各项制度、协议的执行和监督，以及处理具体日常性事务。
此外，还可以通过建立官方、民间组织的对话交流机制，如领导定期会议制度、各类论坛等，促进区域交流合作；建立区域利益共享与补偿机制，如政府对初级产品价格进行市场调节（或指导定价），不同分工的行业组织通过协商分配利润，优势产业产生的税收向弱势产业地区合理转移补偿等，让区域内所有的地区都能够共享合作的收益，保障区域经济合作的有效运作。
当前要做的四项工作
海峡经济区从战略性构想到可行性运作，必须要从当前的主要工作需要出发，系统地推进，具体应该注意做好以下几方面的工作。
首先，加快海峡西岸基础设施建设，逐步实现海峡两岸基础设施的共建共享。
交通、港口、通讯等基础设施的对接是推进区域一体化的重要基础。由于政治因素的影响，海峡西岸各城市与台湾基础设施规划、建设、利用、对接相互独立，有时甚至是由于人为原因被故意割裂，这不仅造成了两岸现有资源与设施的空置与浪费，使两岸物流整合和旅游全面合作受到制约，也极大影响了地区间生产要素的自由流动，提高了区域内的交易成本。
目前比较现实的做法，就是在对台通航取得初步成效的基础上，努力探索实现两岸全面直接“三通”的有效途径与方式，力争将福建建成对台通航的主要基地和重要通道：利用“金马直航”先行的优势，重点开拓对台旅游通道，逐步打开全面直接“三通”的缺口；按照《台湾海峡两岸间航运管理办法》，开展对金（门）、马（祖）、澎（湖）的货运直航，争取由大陆货物加工转出口发展到进入岛内市场；在两岸“包机直航”获得成功的基础上，促进“包机直航”节日化、常态化和两岸货运便捷化，减少厂商货物的运输成本与时间；利用“试点直航”的政策，不断扩大直航口岸的功能与范围。随着海峡经济区一体化趋势的不断深入发展，逐步协调两岸基础设施建设规划，最终实现两岸基础设施的共建共享和全面对接。
其次，加强海峡两岸的科技合作与创新，提高区域核心竞争力。
构建区域内部长期、稳定、全面、密切的科技合作与交流关系，事关海峡经济区未来的竞争力和在全国区域经济中的地位，是必须考虑的问题。为此可以采取以下做法：
建立技术供求信息交流平台，如举办海峡科技论坛、海峡两岸科技项目交流会，建立科技合作网站等，为科技界、企业界提供彼此优势互补、深化合作的专业平台；促进民间科技合作与交流向更高领域和更深层次发展，如共同建立研发机构，通过整体收购或兼并技术含量高的研究机构、技术项目或生产企业等；灵活引进人才，吸引台湾科技工作者来大陆工作，实现技术成果的共享与开发；大力发展科技风险投资基金，为科技合作项目的研究、开发和推广提供金融支持；建立闽台科技合作园区和高新技术产业园区，吸引台湾科技投资；完善相关政策法规，加大知识产权保护力度，推动建立区域科技共同标准等。
第三，充分发挥民营经济的力量
台湾经济的发展来自民营经济，而作为海峡西岸经济区主体的福建省，四成以上的工业总产值、六成以上的社会消费品零售总额也是由民营经济创造的，非公经济对经济增长的贡献率超过60％，非公经济实现的GDP占全省GDP近50％。可见，两岸民营经济都有着相当雄厚的实力。
在市场经济条件下，由于资本的“趋利”本性，两岸民营经济都有为追逐利润最大化而寻找投资机会的内在要求：台湾民营企业的数量占台湾企业总数的98%以上，但岛内空间相对狭小，需要向往扩张寻找投资机会；闽商虽然数量较多，但多为中小企业，核心竞争力不强，迫切需要进行制度创新，促进家族资本与社会资本的融合，增强开放性。
民营资本的直接合作，尤其是组建跨行政区域的、两岸民间资本相互参股的股份制集团公司，可以有效打破区域封闭格局，同时这也是优化资源配置，增强综合竞争力的最有效方式和最好组织形式。
第四，文化交流带动文化产业发展
文化是海峡经济区建设的“根”和“魂”，同时也是区域发展的新增长点。台湾的文化产业发展较早，其在出版发行、版权服务、影视、网络信息、休闲娱乐以及文化中介服务等方面都具有明显的优势，而海峡西岸有着深厚的文化底蕴，如闽南文化、妈祖文化、客家文化等。加快建设一批对台胞有吸引力的文化交流项目，推动文化产业园的建设，吸引台湾文化产业在西岸地区投资，有利于充分挖掘共同的文化底蕴，打造富有海峡特色的文化品牌，加快文化产业乃至整个区域经济的发展。