为建立鉴别检测鹅细小病毒（GPV）、番鸭细小病毒（MDPV）及鸭圆环病毒（DuCV）的方法，本研究分别针对GPV、MDPV NS基因与Du CV Rep基因，设计特异性引物和Taq Man探针，经优化反应条件，建立了同一体系中同时鉴别检测GPV、MDPV及Du CV的Taq Man荧光定量PCR方法。利用该方法检测GPV、MDPV、Du CV及禽流感病毒、新城疫病毒、鸭瘟病毒、减蛋综合征病毒、鸭坦布苏病毒、番鸭呼肠孤病毒等主要水禽源病毒，结果显示，该方法仅能扩增出GPV、MDPV及Du CV，与其他主要水禽源病毒均无交叉反应，特异性强；利用该方法检测等体积混合后的GPV、MDPV及Du CV质粒标准品混合物，结果显示，该方法对3种质粒标准品的检测限均为7.5×10~1拷贝/μL，普通单一PCR对上述3种质粒标准品混合物的检测限均为7.5×10~3拷贝/μL，表明本研究建立方法的敏感性高于普通PCR；该方法组内与组间重复性试验的变异系数均小于2.0%，重复性好。利用该方法与MDPV和GPV双重荧光定量PCR方法及Du CV荧光定量PCR方法同时检测96份临床发病鸭的组织样品，该方法检测结果显示，共检出58份阳性样品，其中GPV检出率为18.75%（18/96）,MDPV检出率为4.17%（4/96）,Du CV检出率为37.50%（36/96）,GPV与Du CV混合感染率为8.33%（8/96），阴性样品38份。与GPV和MDPV双重荧光定量PCR及Du CV荧光定量PCR方法的检测结果均一致，三者的符合率达100%。本研究建立的GPV、MDPV及Du CV多重Taq Man荧光定量PCR方法为临床鉴别检测该3种病原及其流行病学调查提供了特异、敏感、高效的技术手段。