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针对复杂电子系统故障具有层次性、传播性、相关性以及并发性的问题,提出了一种结合知识推理方法的分层多信号流图模型的故障诊断方法,根据系统层次分别建立各层的多信号流图模型.试验结果表明：该方法能够给出各层的故障依赖矩阵以及层间关联关系,得出底层的可能故障源和确定故障源,对可能故障源进行知识推理后可以有效的检测出系统一个或多个故障源,较好的解决了系统的多故障诊断问题.