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保护地辣椒根部病害主要有沤根、疫病、根腐病、青枯病。近几年随着保护地辣椒种植面积的逐年增长，根部病害也日趋严重。2003—2005年在山东省五莲县主要栽培区调查发现，发病较轻的日光温室辣椒病株率为20％～30％，一般为40％～50％，发病较重的温室辣椒病株率高达60％～80％。不少棚室一旦发病，轻则严重减产，重则完全绝收。