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淋球菌对常用抗生素有不同的耐药率及耐药机制。对青霉素耐药的主要机制是产生β-内酰胺酶；对四环素耐药的主要机制是细胞膜对药物的通透性降低；对大环内酯类、大观霉素耐药的主要机制是作用靶位的改变；对氟喹诺酮类耐药的主要机制是gyrA及parC基因的突变；对第三代头孢菌素类敏感性降低或耐药的机制尚未明确，但与penB、penA等基因密切相关。