在城市信用合作社基础上组建起来的城市商业银行在满足中小实体企业金融服务需求、促进区域经济发展方面发挥了重要作用。然而随着利率市场化和金融脱媒时代的到来,主要依靠传统存贷利差盈利的城市商业银行面临着前所未有的挑战。本文收集了全国28家城市商业银行2008—2012年5年的面板数据,利用加权的DEA模型,从静态和动态两个角度分别对我国城市、国有以及股份制商业银行的创新效率进行了测度,发现城市商业银行在三类银行的平均创新效率排名末位,推动我国城市商业银行创新效率提高的最大动力是技术进步,最根本的内因是加强公司治理。进一步,通过Tobit面板回归模型实证分析了我国城市商业银行股权结构和公司治理对创新效率的影响,结果发现:我国城市商业银行的监事会制度与员工激励并未起到理想的作用,引进外来先进的创新技术和理念、增强创新能力以及扩大分销渠道会带来创新效率的提升。