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处方药与非处方药分类管理制度的实施对医院药学的影响存在着利弊相依的双向影响。有利于药学技术人员开展临床药学；同时在劳动强度降低的情况下使药师可有大量充裕时间来指导病人的合理用药，有利于药师技能的发挥；对于医院而言可利用自身的技术和信誉优势开设ＯＴＣ药房。但同时在实行分类管理后对医院也会产生不利影响。首先是使医院的收入大为减少；其次随着ＯＴＣ管理制度的实施，非处方药的大量转化和增长使得医药分业更为明显。