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通过运用数据包络分析方法,基于创新链的视角测度了1999-2008年我国高新技术产业的创新绩效,在此基础上,进一步对我国高新技术产业的影响因素进行了研究。研究发现:我国高新技术产业的研发效率受诸多影响因素的制约,在技术开发阶段,产权机构和企业规模有显著的影响;而成果转化阶段,企业规模和企业支持有显著的影响。基于此结论,提出了提高我国高新技术产业创新效率的政策建议。