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提出了一种蛋白质相互作用的相似性度量，将其与基因表达数据的相似性度量相结合，定义了一种融合的距离度量，并且将这种融合的距离度量用于改进现有的K—means聚类方法。经过实际数据的检验，改进后的K—means方法比常用的其它几种聚类方法具有更好的效果，说明结合蛋白质相互作用数据可以使得基因表达聚类的结果更有生物意义。