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蛋白质二级结构预测是后基因组学的重要内容，是能准确预测蛋白质分子三维空间结构的关键步骤，它被证明是个NP难问题。同时，蛋白质数据库中的数据是巨量的，每天以指数形式在增长，而且不同的数据库位于不同的地域，受不同组织管理。提出一个网格中基于结构分类和位矩阵编码的并行遗传算法，有效地解决这个NP难问题，并且充分利用网格强大的并行计算能力，提高预测效率和准确率。