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为探究稻麦轮作模式下秸秆还田对水稻根际微生物多样性与水稻纹枯病发生的影响,本研究采用Illumina测序技术结合生物信息学比较分析了秸秆还田与不还田处理的水稻根际微生物群落多样性差异,并采用实时荧光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR,RT-qPCR)对这2种稻田土壤中水稻纹枯病菌Rhizoctonia solani含量进行测定,并采用随机五点取样法调查稻田中水稻纹枯病发病率和病情指数.结果表明,秸秆还田后水稻根际细菌群落Chaol丰富度指数和Shan-non 多样性指数均有所增加,分别增加14.42％和4.39％,其中前者增幅显著;根际真菌群落Chaol丰富度指数降低29.60％,而Shannon多样性指数略有增加,增加5.96％;在门水平上,秸秆还田和不还田处理的水稻根际土壤优势细菌门均为变形菌门、放线菌门、绿弯菌门和酸杆菌门,优势真菌门均为子囊菌门、接合菌门和担子菌门;在属水平上,秸秆还田处理的硝化螺旋菌属和芽胞杆菌属相对丰度分别比不还田处理的显著增加96.11％和106.19％;在水稻孕穗期秸秆还田土壤中水稻纹枯病菌含量比不还田处理的显著增加120.20％;秸秆还田后水稻纹枯病发生加重,病情指数比不还田处理的增加18.10％～45.41％.