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猪圆环病毒2型（PCV2）DNA的复制是滚环复制,Rep和Rep′蛋白是PCV复制所必需的蛋白质,核心元件A＊TA＊TAC为必需的结合位点。复制的影响因素包括病毒内部因素如病毒基因内的CpG寡核苷酸和干扰素反应元件、病毒黏附受体（硫酸乙酰肝素和硫酸软骨素B乙糖胺）和病毒内吞作用（小GTP酶和肌动蛋白）;外部因素如DL-硒蛋氨酸和刀豆素A。抑制PCV2复制的措施有猪营养的全面,干扰RNA技术,疫苗的使用等。