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建设强院强所，是福建省农科院确立的“十一五”发展战略，而建立科学的评估指标体系与制度化的评估机制，准确把握各研究所（室、中心）的现状与发展进程，是建设强院强所必须首先解决的问题，也是当前福建省农科院科研机构管理中亟待解决的一大难题。根据农业部、科技部对科研机构的评价体系与指标，对各研究单位综合能力评估进行调查与分析，同时提出增强科技综合能力的对策与建议。