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对杜鹃花科杜鹃属的新变种上犹杜鹃进行了ITS分子标记分析。结果表明：（1）上犹杜鹃与原变种毛果杜鹃在系统树上没有聚合为一支;（2）上犹杜鹃ITS序列密码子第二位上的G＋C含量与原变种毛果杜鹃差异明显，而且编码位上的G＋C含量（G＋Cc）也与原变种毛果杜鹃有差异，（3）上犹杜鹃与原变种毛果杜鹃的形态特征有明显的区别，并具间断性特征I（4）密码子偏向性指数CBI分析正好反映了上犹杜鹃处于“变种”等级阶段的特点。基于这些证据，认为上犹杜鹃处理为种以下等级“变种”比较合理。