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以辣椒花蕾和嫩叶为试验材料,对影响辣椒cDNA—AFLP体系的关键因素进行了探讨,建立了适于辣椒基因差异表达的cDNA—AFLP体系。结果表明,Trizol法适用于辣椒花蕾和嫩叶总RNA提取:SMART法合成双链cDNA效率较高;利用TaqI/Asel分步酶切cDNA各3h可酶切完全;连接产物最佳稀释倍数为15倍;预扩产物稀释15倍经选择性扩增,PAGE电泳可以获得带型丰富且重复性好的结果。辣椒cDNA-AFLP反应体系的建立为辣椒基因的差异表达分析奠定了基础。